ETF প্রদান করে স্বল্প মূল্যে বৈচিত্র্য। এই সুবিধাগুলি ছাড়াও, এই ধরণের বিনিয়োগের সঙ্গে সম্পর্কিত ঝুঁকিগুলির সম্পর্কে আপনার অবগত থাকা উচিৎ। প্রথমত, মার্কেটে আন্তর্জাতিক ও এগজটিক সহ অসংখ্য ধরণের ETF রয়েছে। ফলে আপনার প্রয়োজন পূরণ করতে পারে এমন ETF বেছে নেওয়াটা জরুরী যাতে অতিরিক্ত ঝুঁকি যেমন রাজনৈতিক ঝুঁকি ও লিক্যুইডিটির ঝুঁকি এড়িয়ে চলা যায় যেগুলি এই ETF-গুলির সঙ্গে সম্পর্কিত হতে পারে।
ETF-গুলির ক্ষেত্রে এগুলির আভ্যন্তরীণ হোল্ডিংসের কারণে কাউন্টারপার্টি ঝুঁকি ও কারেন্সি সংক্রান্ত ঝুঁকিও থাকতে পারে। এগুলি কোথায় বিনিয়োগকৃত হচ্ছে এবং পোর্টফোলিও থেকে কিভাবে এরা ক্যাপিটাল গেইন বণ্টন করছে তার ভিত্তিতে ETF-গুলির গঠন আলাদা আলাদা হতে পারে। এর ফলে বিনিয়োগকারীর মাথায় করের বোঝা চেপে বসতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, যে সব ETF-গুলি ইন-কাইন্ড এক্সচেঞ্জ ব্যবহার করে সেগুলি অন্তিম বিনিয়োগকারীদের ক্যাপিটাল গেইন বণ্টন করে না, আবার যে ETF-গুলিতে ডেরিভেটিভস বা পণ্য সংযুক্ত রয়েছে সেগুলির গঠন ও ট্যাক্স সংক্রান্ত বিষয়টি জটিল হতে পারে। একজন বিনিয়োগকারী যদি এই বিষয়গুলির সম্পর্কে না জানেন তাহলে তিনি সমস্যায় পড়তে পারেন।
ETF-গুলির ক্ষেত্রে এদের বৈচিত্র্যপূর্ণতার সুবিধা থাকলেও এগুলির মার্কেট রিস্ক স্টক ও অন্যান্য মিউচুয়াল ফান্ডগুলির মতই। একটি ETF যত বিস্তীর্ণ ইনডেক্সকে ট্র্যাক করে, তার মার্কেট রিস্ক তত কম, যদিও তা সম্পূর্ণ এড়ানো যায় না। ETF-গুলিকে ট্র্যাকিং ত্রুটির সম্মুখীন হতে হয়, অর্থাৎ, আভ্যন্তরীণ ইনডেক্সের রিটার্নের থেকে এদের রিটার্ন আলাদা হতে পারে কারণ একটি ETF-কে নিশ্চিত কিছু ব্যয় বহন করতে হয় যে সমস্যা ইনডেক্সকে ভোগ করতে হয় না।