ইনডেক্স ফান্ড প্যাসিভ ধরণের কারণে তিনটি মূল অসুবিধায় ভোগে। তারা বাজার ডাউনসাইড পরিচালনা করতে ফান্ড পরিচালককে যথেষ্ট নমনীয়তা দিতে পারে না। যদি ফান্ড দ্বারা নকল করা ইনডেক্সটি প্রতিকূল অর্থনৈতিক কারণে বা বাজারের অবস্থার কারণে নেগেটিভ রিটার্ন প্রদান করে, সেক্ষেত্রে সক্রিয় ফান্ড পরিচালকের সুযোগ রয়েছে ডাউনসাইডকে আরও ভালভাবে পরিচালনা করার জন্য পছন্দসই স্টক বেছে নেওয়ার। তবে একটি ইনডেক্স ফান্ডকে অবশ্যই বাজারের উত্থান এবং পতনের সময় একটি বেঞ্চমার্ক মেনে চলতে হয়।
একজন সক্রিয় ফান্ড পরিচালক আলফা উৎপন্ন করার চেষ্টা করেন, অর্থাৎ ফান্ডের বেঞ্চমার্কের চেয়ে অতিরিক্ত রিটার্ন লাভ করা। তাই সক্রিয় ফান্ড অতিরিক্ত ঝুঁকি নিয়ে তাদের বেঞ্চমার্কের তুলনায় বেশি আয় করতে সক্ষম। কিন্তু ইনডেক্স ফান্ড হল একটি স্বল্প ঝুঁকিযুক্ত পণ্য যা কেবল অন্তর্নিহিত বেঞ্চমার্কের নকল করে। সুতরাং যে বিনিয়োগকারীগণ বেঞ্চমার্কের ইনডেক্সের চেয়ে অধিক আয় করতে আগ্রহী তাঁদের উচিত ইনডেক্স ফান্ড এড়িয়ে চলা, কারণ এগুলির থেকে গড় বাজারে আয় লাভ করা সম্ভব।
যদিও ইনডেক্স ফান্ডের একটি ইনডেক্স অনুসরণ করা এবং তার সাথে সামঞ্জস্য অনুসারে রিটার্ন প্রদান করার কথা, কিন্তু বাস্তবে অধিকাংশ ইনডেক্স ফান্ড ট্র্যাকিং ত্রুটির কারণে তাদের বেঞ্চমার্ক রিটার্নের চেয়ে কম আয় প্রদান করে থাকে। একটি ইনডেক্স ফান্ডকে প্রতিবার তার ইনডেক্সের গঠন পরিবর্তনের জন্য পোর্টফোলিওতে হেরফের করার জন্য কিছু পরিমাণ মূল্য ব্যয় করতে হয়। ইনডেক্সটি যখন এর গঠন পরিবর্তন করে তখন এ জাতীয় কোনও লেনদেনের জন্য ব্যয় হয় না। ইনডেক্স তহবিলের এই লেনদেন সংক্রান্ত ব্যয়গুলির ফলে এর আয় বেঞ্চমার্ক রিটার্নের তুলনায় কম হয়ে যায়।
