செயலற்ற தன்மைக் காரணமாக இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட்கள் மூன்று முக்கிய குறைபாடுகளைக் கொண்டுள்ளன. சந்தை இறக்கங்களை நிர்வகிப்பதில் இவை நிதி மேலாளருக்கு நெகிழ்வுத்தன்மையை வழங்குவதில்லை. சாதகமற்ற பொருளாதார அல்லது சந்தை நிலைமைகள் காரணமாக ஃபண்டின் மூலம் இன்டெக்ஸ் எதிர்மறையான ரிட்டர்ன்களை ஈட்டினால், இறக்க நிலையைச் சிறப்பாக நிர்வகிப்பதற்கு, நிதி மேலாளரால் பங்குகளைத் தேர்வுசெய்ய முடியும். ஆனால் சந்தையின் ஏற்ற இறக்கங்களின் போது முக்கிய பெஞ்ச்மார்க்கை இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட் பின்தொடர வேண்டும்.
செயல்திறனுள்ள நிதி மேலாளர் ஆல்பாவை உருவாக்க முயல்வார். அதாவது ஃபண்டின் பெஞ்ச்மார்க்கை விட அதிக ரிட்டர்னைப் பெற முயல்வார். எனவே செயல்திறனுள்ள ஃபண்ட்கள் கூடுதல் ரிஸ்க்கை எதிர்கொள்வதன் மூலம் அவற்றின் பெஞ்ச்மார்க்கை விட அதிக வருமானத்தை ஈட்ட முடியும். ஆனால் இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட்கள் குறைந்த ரிஸ்க்குள்ள திட்டங்கள். அவை, ஓர் அடிப்படை பெஞ்ச்மார்க்கைப் பிரதிபலித்திடும். ஆகவே, பெஞ்ச்மார்க் இன்டெக்ஸை விட அதிகமான ரிட்டர்னை எதிர்பார்க்கும் முதலீட்டாளர், சராசரி மார்க்கெட் ரிட்டர்னைக் கொடுக்கும் இன்டெக்ஸ் ஃபண்டைத் தவிர்க்க வேண்டும்.
இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட்கள் ஒரு இன்டெக்ஸைப் பின்பற்றி அதற்கேற்ப ரிட்டர்னை வழங்குவதாக இருந்தாலும், டிராக்கிங் எரர் காரணமாக உண்மையில் பெரும்பாலான இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட்கள் அவற்றின் பெஞ்ச்மார்க் ரிட்டர்னை விடக் குறைவான ரிட்டர்னையே கொடுக்கின்றன. இன்டெக்ஸ் ஃபண்ட்களின் இன்டெக்ஸின் கலவையில் மாற்றங்கள் ஏற்படும்போது, அதன் போர்ட்ஃபோலியோவை சரிசெய்வதற்கு ஒவ்வொரு முறையும் செலவு செய்ய வேண்டியிருக்கும். அதன் கலவை மாறும்போது இன்டெக்ஸுக்கு அத்தகைய பரிவர்த்தனை செலவுகள் எதுவும் ஏற்படாது. இன்டெக்ஸ் ஃபண்டின் பரிவர்த்தனைச் செலவுகள், அதன் ரிட்டர்னைக் குறைக்கின்றன, இதன் விளைவாக பெஞ்ச்மார்க் ரிட்டர்னை விட, குறைவான ரிட்டர்னே கிடைக்கும்.