ईटीएफमध्ये डाइवर्सिफिकेशनचे फायदे कमी खर्चामध्ये मिळतात. हा फायदा असला, तरीही अशा गुंतवणुकीतील जोखीम आपल्याला लक्षात ठेवली पाहिजे. एकतर, आज बाजारात अनेक प्रकारचे ईटीएफ उपलब्ध आहेत ज्यात आंतरराष्ट्रीय आणि विलक्षण असे सुद्धा आहेत. त्यामुळे आपल्या गरजांसाठी योग्य ईटीएफ निवडणे हे त्या ईटीएफसोबत असणाऱ्या इतर जोखीम जसे राजनैतिक जोखीम आणि लिक्विडिटीची जोखीम टाळण्यासाठी महत्त्वाचे आहे. ईटीएफमध्ये त्यांच्या होल्डिंगच्या आधारे काउंटरपार्टी जोखीम आणि मुद्रा (करंसी) जोखीम सुद्धा असू शकतात.
त्यांनी कशात गुंतवणूक केली आहे आणि ते पोर्टफोलिओतील कॅपिटल गेनचे वितरण कसे करतात या आधारांवर ईटीएफची संरचना निराळी असू शकते. यामुळे गुंतवणूकदाराची कर-देयता बदलू शकते. उदाहरणार्थ, इन-काइंड एक्सचेंजचा वापर करणारे ईटीएफ गुंतवणूकदारांना कॅपिटल गेनचे वितरण करीत नाहीत, तर डेरीव्हेटिव्ह किंवा कमॉडिटीज असलेल्या ईटीएफमध्ये गुंतागुंतीची संरचना आणि कर-देयता असू शकते. जर गुंतवणूकदाराला या गोष्टी माहीत नसल्या, तर हा त्यांचा बेसावधपणा त्यांना नडू शकतो.
डाइवर्सिफिकेशनचे फायदे असले तरीही ईटीएफमध्ये स्टॉक आणि इतर म्युच्युअल फंड्स प्रमाणे बाजाराची जोखीम असतेच. ईटीएफ जेवढ्या विस्तृत इंडेक्सचे अनुसरण करीत असेल, तेवढी बाजाराची जोखीम कमी असेल, पण ती पूर्णपणे नाहीशी होत नाही. ईटीएफमध्ये ट्रॅकिंग त्रुटी सुद्धा असते, म्हणजे ते त्यांच्या अनुसरण करीत असलेल्या इंडेक्सपेक्षा निराळा परतावा देऊ शकतात कारण ईटीएफचे काही खर्च असतात जे त्या इंडेक्सला लागू पडत नाहीत.
