ઇટીએફ નીચા ખર્ચે વૈવિધ્યતાના લાભ પૂરા પાડે છે. આ લાભો ઉપરાંત વ્યક્તિએ આવા રોકાણ સાથે સંકળાયેલા જોખમોની નોંધ લેવી જોઇએ. સૌ પ્રથમ બજારમાં આંતરરાષ્ટ્રીય અને વિદેશી સહિત ઘણા પ્રકારના ઇટીએફ ઉપલબ્ધ છે. તેથી આ ઇટીએફ સાથે સંકળાયેલા હોઇ શકે એવા રાજકીય જોખમ અને તરલતાના જોખમ જેવા વધારાના જોખમોને ટાળવા માટે તમારી જરૂરિયાતને પૂરી કરી શકે એવા યોગ્ય ઇટીએફની પસંદગી કરવી એ ચાવીરૂપ છે. ઇટીએફ તેમના અન્ડરલાઇંગ હોલ્ડિંગ્સને આધારે કાઉન્ટરપાર્ટી જોખમ અને ચલણ જોખમનો પણ સામનો કરી શકે છે. ઇટીએફ તેઓ જેમાં રોકાણ કરે છે અને પોર્ટફોલિયોમાંથી મૂડી વૃદ્ધિનું તેઓ કેવી રીતે વિતરણ કરે છે તેને આધારે અલગ માળખું ધરાવી શકે છે.
તે રોકાણકાર માટે કરની જવાબદારીને અસર કરી શકે છે. ઉદાહરણ તરીકે ઇન-કાઈન્ડ એક્સચેન્જોનો ઉપયોગ કરતા ઇટીએફ અંતિમ રોકાણકારોને મૂડી વૃદ્ધિનું વિતરણ કરતા નથી, જ્યારે ડેરિવેટિવ્ઝ કે કોમોડિટિઝને સામેલ કરતા ઇટીએફ જટીલ માળખાં અને કરના સૂચિતાર્થો ધરાવી શકે છે. જો રોકાણકાર આ બાબતોથી જાગૃત્ત ન હોય તો તેમણે અનપેક્ષિત આશ્ચર્યનો અનુભવ થઈ શકે છે. ઇટીએફના વૈવિધ્યતાના લાભ હોવા છતાં પણ તેમની સામે સ્ટોક્સ અને અન્ય મ્યુચ્યુઅલ ફંડ્ઝ જેવા બજારનાં જોખમ રહેલા હોય છે.
ઇટીએફ ટ્રેક કરતી હોય એ ઇન્ડેક્સ જેટલો વ્યાપક હોય છે એટલું તેનું બજારનું જોખમ ઓછું હશે, પરંતુ તેને સંપૂર્ણપણે દૂર કરી શકાય નહીં. ઇટીએફ ટ્રેકિંગ ત્રુટિનો સામનો કરે છે એટલે કે તેમના વળતર અન્ડરલાઇંગ ઇન્ડેક્સનાં વળતરથી અલગ હશે, કારણ કે ઇટીએફમાં અમુક ખર્ચ થાય છે, જે ઇન્ડેક્સમાં થતા નથી.